Al cancelar el contrato de mantenimiento informático de la farmacia, en la factura por la compensación que debo abonar, se aplica I.V.A. ¿Es correcto?

No. La compensación por la cancelación anticipada de un contrato, como en su ejemplo, de mantenimiento, antes del tiempo acordado, no está sujeta al Impuesto sobre el Valor Añadido.

Hacienda ha recordado en varias ocasiones que estas indemnizaciones no son contraprestación por entregas de bienes o prestaciones de servicios y no suponen la realización de ninguna operación sujeta al I.V.A.

Por lo tanto, dado que no se trata de una operación sujeta a ese impuesto, la empresa debe rectificar esa factura.